2001年开始，教育部实施“对口支援西部地区高等学校计划”。2010年以来，教育部进一步推动高校团队式对口支援工作。按照教育部安排部署，中国农业大学现作为组长单位，与浙江大学，华中农业大学、北京化工大学和东华大学共同组成对口支援塔里木大学高校团队，并与河海大学对口支援西藏农牧学院。2022年11月，学校与甘肃农业大学、西昌学院明确对口支援关系。

2018年，教育部启动部省合建工作。按照教育部安排，学校开始与河北大学、石河子大学、贵州大学、海南大学4所部省合建高校确立对口合作关系。

多年来，学校秉持高度的政治责任感，贯彻落实中央援疆援藏工作精神和推动中西部高等教育高质量发展的重要战略举措，以人才帮扶为突破口，推动学科精准对接，大力提升受援高校、合建高校的人才培养、师资队伍、科研服务和管理工作水平，广泛开展交流与合作，积极推动共建、共享、共赢，有效助力受援高校、合建高校综合实力以及服务区域经济社会发展能力提升。